两年前，阿城还生活在网络帝国。网络帝国的人寄居在人类的网络中，并可以修改地球的程序。这一年，网络帝国遭到信息魔鬼 Sara的攻击， 48%的信息库遭到毁坏。如今的地球已被网络覆盖，如果网络帝国被摧毁，那么世界将会被毁灭。

阿城作为父亲的准接班人，被派往人类世界，收集完善失去的信息，弥补缺口。而机器人阿尾则化身为他的弟弟和他一起来到人类世界。他们原本亲密，可当阿城发现，阿尾竟将自己的一言一行都反馈给父亲时，他开始恨阿尾入骨，常常欺负他，他还关掉了和网络帝国联络的通道，切断了和父亲的一切联系。

新海讨厌阿城，就像阿城讨厌阿尾一样。新海是阿城的同学，他们在学校结下了很深的梁子。这天，新海对阿城说：我俩总是暗中较劲，这次咱们光明磊落地比试一次怎么样？就比游泳吧。阿城同意了。

然后比赛那天，阿城发现阿尾不见了。阿城游到中途，开始频繁走神。最后阿城输掉了比赛。正在这时，天空中突然风卷残云，遥远处传来阿尾的声音：主人， Sara正在攻打网络帝国，你的父亲他被 Sara的垃圾信息海啸吞噬了……你快回来吧！听到此言，在场的人一片哗然。阿城立即带领新海穿越时空轨道，回到了网络帝国。

阿尾告诉他们， Sara最擅长的一招，就是用由各种垃圾信息组成的信息海啸对目标进行摧毁打击，唯有游至海底，打开控制阀，让海水流出，才可免于被垃圾信息淹没。但是，这么深的海底，搞不好就会被垃圾信息迷惑大脑，失去意识。并且控制阀有四个，至少要两个人同时打开才可以。最后，阿城决定带着新海一起去。

两人终于潜到海底，找到控制阀后，他们用力地将其打开。然而海水丝毫没有退却。就在此时，阿尾突然出现了。他说：其实我没告诉你们，想要打开控制阀，需要我身体里的能石。说罢，阿尾胸前的盖子自动开启，一块闪烁着光芒的能石显露出来。他知道阿城一定不会允许他跟随入海，所以只好偷偷跟来。还没等阿城反应过来，阿尾便将能石放进相虚的槽中。刹那间，阀门大开，海水一涌而出。阿城赶紧拉着新海和阿尾快速游到水面。

公元 2012年 5月，市第一中学初三( 2)班。新海坐在教室里，正在上计算机课，但他频频走神。他总觉得曾经发生过什么特别的事，自己却记不起来。因为在 Sara被瓦解之后，阿城修改了人类世界的程序。

阿尾躺在研究室的工作台上，一动不动。阿城没有能力修好他，他还不能找到可以代替能石的东西。阿尾曾对他说，他是网络帝国的金牌程序师，这是他父亲说的，阿城具有极高的天赋，只要有阿尾的监督辅助，一定能走上正轨，接替维护世界秩序的重任。于是阿尾来到了阿城的身边，作为他的仆人。

原来每个人都有与生俱来的使命。新海的使命是拥有一段精彩的人生，阿尾的使命是不顾一切保护阿城。而身为金牌程序师的阿城，他的使命是拯救世界。现在他们都完成了自己的使命。